鸦片战争之后，帝国主义以传教布道为名，纷纷来华，进行文化侵略。这些传教士“作奸犯科，无所不至。或乡愚被其讹诈，或孤弱受其欺凌，或抢占人妻，或横侵人产，种种妄为，几难尽述”鸦片战争以后，英，法，美，德，日等这国主义国家相继侵入中国，他们用洋枪火炮打败了腐朽的清政府，迫使签订了一个个丧权辱国的不平等条约，特别是在1896年前后，外国列强在我国神圣国土上任意划分势力范围，对中国加紧进行军事，政治侵略和经济掠夺，并派入大批传教士对我中华民族进行精神腐蚀和文化渗透，清政府逆来顺受，屈膝求和。在巨野，传教士及其教徒肆无忌惮，横行乡里，敲诈勒索，作恶多端，清朝官吏畏之如虎，敬若上帝，是非混淆，百般袒护。种种的原因，百姓们饮恨吞声，积怨痛恨，遂至一发而不可制，终于爆发了震惊中外的“巨野教案”
在山东省巨野县，离城二十五里处有一个小山村，名曰“磨盘张庄”，光绪十六年(1890)，德国夺得法国在山东传教的护教权后，开始在山东积极进行传教活动。巨野县磨盘张家庄教堂德国天主教神父薛田资(1869―1928)，在当地发展教会势力，唆使教徒欺压平民，激起公愤。
光绪二十三年十月初七(1897年11月1日)下午，分别在阳谷和曹州郓城一带传教的德国天主教神父能方济(1859―1897)和韩·理加略，来到张家庄，参加天主教纪念“诸圣”的例会“诸圣瞻礼”。薛田资因能方济和韩·理加略是来客，就把自己的寝室让给两人住，自己住于门房里。雷协身探知教堂内有财务，意起行窃。当天晚上，天下小雨，约11时，巨野县大刀会组织会员和民众惠二哑巴、雷协身、萧盛业、朱得法、姜三绿、张允等二、三十人手持刀、红缨枪进入教堂院子里行窃。传教士听见院内有动静，开枪射击，打伤了盗贼，凶盗们一哄而上，闯入屋内杀了韩理、能方济，抢得财物及银钱二百一十两，逃之大吉。躲在门房里的薛田资则侥幸逃命。仓惶逃往济宁，电告德国驻华大使并转德国政府。。
巨野教案发生后，县官许廷瑞吓破了胆，为取得上司和德国人的宽恕，他在自己的轿杆上锁上链子，摘去官帽（表示有罪），立即到磨盘张庄验尸，并派军队保护教堂，亲自为教堂打更。同时大肆抓人，官兵所至，鸡犬不宁。被捕者遭严刑逼供。农民姜怀修、姜怀行、丛爱生、丛荷生、任宪成等，经不起严刑拷打，承认参与杀洋人一事，立即被判为站木笼的死刑。巨野知县许廷瑞上报山东巡抚李秉衡：光绪二十三年十月初八日，据地保姚云章禀，据教士薛田资投称，德国教士能方济，自汶上至曹县传教，在伊教堂与韩理一处住宿，于初七日夜三更时分，被贼抗门进院行窃，经教士韩理等惊觉喊捕，贼即临时行强，砸毁窗户，入室用标枪扎伤韩理、能方济倒地，劫得钱票、衣物逃逸。韩理、能方济均各移时因伤身死。
李秉衡奉命派臬司毓贤、兖沂曹济道锡良前往查处。山东巡抚李秉衡上奏朝廷奏章：缘惠二哑吧即惠潮现、雷协身即雷继参、张高妮即张沁春、王大脚即王莽又名王衍溃、贾木即贾东洋、高大青、萧盛业、姜三绿、张允，分隶巨野、嘉祥等县，平素游荡度日，均先未为匪犯案。雷协身探知巨野县张家庄洋教堂存有钱物，起意行窃，纠允高大青及惠二哑吧、张高妮、王大脚、贾木、萧盛业、姜三绿、张允，并不识姓名二人，于光绪二十三年十月初七日傍晚时分，在巨野县杨家楼村外会齐。即于是夜二更时分，惠二哑吧、张高妮、王大脚、贾木各携尖刀，高大青持绳鞭，雷协身、萧盛业、姜三绿、张允及不识姓名二人分携刀棍。行至中途，萧盛业、姜三绿、张允三人畏惧同逃。惠二哑吧等偕抵张家庄教堂门外，惠二哑吧、雷协身爬墙进院，开启大门，放张高妮等进院。惠二哑吧用刀撬拨屋门未开，教士能方济、韩理惊觉，由窗孔开放洋枪，轰伤不识姓名两人，随各逃逸。惠二哑吧因同伙被伤，气忿莫遏，起意行强，雷协身允从。惠二哑吧即与雷协身砸开窗户进屋，开门放进张高妮等。惠二哑吧用刀扎伤教士肚腹，雷协身亦用木棍扌氏格，随即搜劫赃物，分携逃逸，亦有将赃物、刀棍撩弃路上。讵教士能方济、韩理伤重，旋各殒命。
对这些案犯如何惩办，奕欣的这道奏折接着提出的是：惠二哑吧和雷协身两犯“斩立决枭示”，张高妮、王大脚、贾木、高大青四犯“监候待质”，萧盛业、姜三绿、张允三犯“从重监禁五年”。
这分明是一宗简简单单的刑事案件。有意思的是，德国政府不愿意这样看。德国公使在致总理衙门的照会中对这事件作了另外一种叙述：十月初七日夜间，约有三十人携带刀枪等凶器，闯入巨野县张家庄教堂，堂内有韩理、薛田资、能方济三人安歇。该匪撬窗进屋，持刀向韩理、能方济二人如野兽扑人相似，刀扎数次致死，后查能方济尸身伤痕有十三处，韩理有九处，内有五处甚重。按杀伤情形如此惨毒，可知非寻常抢掠，必系格外暴虐仇杀所致。
德国政府不肯承认这是一宗“寻常抢掠”的刑事案件，表明他们决心尽量扩大事态，作为外交谈判的筹码。这一点，清廷是看到了的。
巨野教案的发生，使久欲占领中国领土的德国政府找到了借口。德皇威廉二世于11月6日得到消息，7日早便命令其停泊在吴淞口的远东舰队立刻去占领胶州湾。德国远东舰队司令蒂尔匹茨于11月10日率领3艘巡洋舰从吴淞口出发，13日到达胶州湾，以“来此游历”为名欺骗清军，14日早却命令他的600名官兵突然登陆，抢占各山头要隘，逼令清军退出该地区。在“朝廷断不动兵”的指示下，清军只得退却。当日下午，蒂尔匹茨发布布告，“宣言占领胶州湾及其一切海岛与属地”。与此同时，德皇威廉二世于11月15日召开大臣会议，策划永久占领胶州湾，并决定再派3艘军舰组成第二舰队，由德皇的弟弟、海军大将普鲁士亨利亲王率领来华，对中国进一步施加压力。他们还策划“尽量抬高”要求条件，务使中国无法履行，以使德国“有理由继续占领”下去。到德国完全占领了胶州湾地区以后，11月20日，驻华公使海靖才奉命向清政府提出了6项要求条款：（一）山东巡抚李秉衡革职，永不叙用；（二）安治泰主教在济宁建盖教堂业已开工，中国应赔银盖造，并赐立匾额，须有保护教堂之意；（三）德国教士戕劫之案，所有盗犯应拿获惩办，如有绅士官员等在此案内，应格外加重办理，教士所受之亏，应全行赔偿；（四）中国应许特保嗣后永无此等事件；（五）山东省如有开办铁路和铁路就近开矿之事，中国应先准德国商人承办；（六）德国办结此案所费之银，由中国赔偿。
这些大大超出教案赔偿的条件，海靖要求清政府“全行照允办理”。清政府派奕、奕、翁同和、李鸿章、张荫桓等与海靖谈判，提出“先退兵而后开议”，遭海靖拒绝。双方经过一个多月争执，于12月下旬达成了如下协议：（一）李秉衡的处分删去“永不叙用”4字，改为不可再任大官之意。（二）中国允给济宁教堂工料银66000两，匾额用“敕建天主堂”5字，并将教案奏牍立碑教堂门外，以为保护之证。（三）在曹州府城及巨野县张家庄各建教堂一所（张家庄教堂后改在兖州建造），每堂中国至少拨地10亩，其余一切，均照济宁教堂办法。另外，赔偿教士损失银3000两，失察之地方官从重参处。又中国给银24000两，在巨野、菏泽、郓城、单县、成武、曹县、鱼台县7处，各为教士盖造两层住房一所。（四）由中国皇帝发布谕旨，饬地方官照约保护教堂教士；曹州府等处未能用力保护德国教士之地方官6员，由中国调赴他省。（五）自胶澳造铁路至济南省城，由德商、华商各自集股各派妥员领办。（六）赔款一案，另案商办，作为德国助还辽地之宜，与教案绝不相涉。双方达成的这个协议，定于12月26日先由海靖将照会底稿送交总理衙门，29日双方正式互换照会，作为先结教案之据。但此时德国已与俄、英、日等国进行了一系列秘密交易，以承认中国北部为俄国势力范围，不“妨碍日本进取中国大陆的计划”，以及承认英国的在华利益等条件，与各国达成了它占领胶州湾的默契，因而12月29日海靖没有交换教案协议照会，却突然送来了“租地照会”五条，并以扩大占地、索赔赔款、断绝邦交等相威胁，逼迫清政府立即答应租借胶州湾。清政府无奈，只得照允。1898年1月初，教案和租借胶州湾的谈判基本结束。
1月4日，总理衙门把教案协议照会交给了德国公使，并按照协议要求，清廷于1月15日和2月1日分别发出谕旨，宣布了对山东地方官吏的处分：李秉衡着降二级调用，不准抵消；调任兖沂曹济道锡良，撤任曹州镇总兵万本华，曹州府知府邵承照，均着革职留任；巨野县知县许廷瑞着即查参；其余济宁、菏泽、单县、成武等州县官，均着分别撤调。1898年3月6日，《胶澳租界条约》正式签字，主要内容为：（一）中国政府将胶州湾包括南北两岸陆地租与德国。（二）租借期先以99年为限，如租期未满以前德国自愿归还中国，则德国在胶州湾所用费项由中国偿还，并将另一较比相宜之地让与德国。（三）自胶州湾水面潮平点起，周围100华里之陆地划为中立区，主权归中国，但德国军队有自由通过之权，中国政府如有“饬令设法等事”，以及派驻军队等，须事先得到德国允许。（四）中国允许德国在山东建造铁路两条：其一由胶州湾起，经潍县、博山、淄川、邹平等处至济南及山东边境；其二由胶州湾经莱芜等处至济南。在铁路两旁各30华里内，允许德国人开挖矿产。（五）以后山东省无论开办何项事务，或需外资，或需外料，或聘外人，德国商人有尽先承办之权。该条约的签订，不仅使胶州湾成了德国的殖民地，而且把整个山东变成了德国的势力范围，同时引起了各国在中国“租借”港湾和划分势力范围的竞争。
德占青岛后，康有为又一次上书要求变法，终被清光绪皇帝采纳，于是引发了“戊戌变法”。大风起于轻萍之末。小小的巨野教案，不仅是义和团暴动的起点，也是西方列强最终完成对中国的瓜分的起点，不仅是中国历史上的重大事件，也是世界历史上的重大事件。“巨野教案”已成为历史长卷中的一页，它记载着中国人民反帝反封建斗色的光辉史迹。也饱含着外来侵略的欺凌和耻辱，这一切将被中华民族后世子孙永远铭记在心。可惜的是，磨盘张庄教堂于1967年被拆除，唯甫用的椅子，大床，教堂门窗幸存，为县文物管理所收藏，原教学遗址公存当年水井一眼。1977年，巨野教案遗址被公布为省级重点文物保护单位。
巨野教案发生后，天主教会由于有本国军事势力做后盾和清政府地方官吏的悉心庇护，对中国人民的压迫、敲诈更加残酷，为所欲为，飞扬跋扈。张家庄常有教民指控某某为大刀会员，某某参加过杀教士事件，唆使清廷捕杀。有的教民还公开抢劫大刀会家属的财产，强迫他们为教会做苦工。正是在这种情况下，反教会侵略斗争的怒火又燃烧起来。巨野教案和翌年爆发的“大足教案”、“冠县教案”，堪称19世纪末揭开义和团运动序幕的三大教案。